V roku 2007 podala advokátska kancelária Covingtoh & Burling LLP, ktorá zastupuje záujmy siedmich španielskych investorov - akcionárov spoločnosti Yukos, žalobu na Rusko na Medzinárodnom arbitrážnom súde v Štokholme. Žalobcovia požadovali od ruskej vlády odškodné s poukazom na skutočnosť, že v dôsledku konania štátnych a súdnych orgánov Ruskej federácie utrpeli finančné straty. A podľa rusko-španielskej dohody o vzájomnej ochrane investícií sú straty, ktoré investorom vzniknú v dôsledku protiprávneho konania štátu, predmetom kompenzácie.
Podstata žaloby spočívala v tom, že ruská strana zámerne zruinovala spoločnosť YUKOS, čím spôsobila finančnú škodu akcionárom spoločnosti. Oprávnené osoby z Ruska, ktoré sa zúčastnili na štokholmskej arbitráži ako obžalovaný, žalobu neuznali, pretože podľa ich názoru sa vedenie Yukosu dlhodobo obzvlášť obchádzalo plateniu daní a dopustilo sa ďalších porušení zákonov Ruskej federácie. To je presne to, čo spôsobilo trestné konania proti vedeniu spoločnosti YUKOS a tiež jej bankrot.
Štokholmský arbitrážny tribunál sa však postavil na stranu žalobcov a rozhodol, že Rusko by im malo vyplatiť 2,7 milióna dolárov ako náhradu za vzniknuté straty. Výška strát sa vypočítala na základe výšky kapitalizácie spoločnosti YUKOS v čase jej bankrotu. Rozhodnutie rozhodcovského súdu zdôraznilo, že daňové pohľadávky boli iba zámienkou na zaistenie majetku Yukosu a skutočným účelom trestného stíhania vedenia spoločnosti bola vôľa nevyberať dane legálne, ale vyvlastniť spoločnosť. To znamená, že súd dospel k záveru, že ruská strana zámerne zruinovala spoločnosť YUKOS, aby štátne spoločnosti Rosněfť a Gazprom dostali väčšinu jej aktív. Je potrebné zdôrazniť, že toto je už druhé rozhodnutie Štokholmského arbitrážneho súdu, ktoré nebolo na základe nárokov akcionárov Yukosu v prospech Ruska.
Prečo Rusko stráca takéto nároky na medzinárodnom arbitrážnom súde? Možno samozrejme hovoriť o masívnej propagandistickej kampani, v dôsledku ktorej sa bývalý šéf Jukosu M. Chodorkovskij javil v očiach západnej verejnej mienky ako opozičník, ktorý trpel za svoje politické a demokratické presvedčenie. Možno poukázať na veľmi neprívetivý postoj vládnucich kruhov Švédska k Rusku. Faktom však zostáva: na Západe sa domnievajú, že ruské úrady v afére Yukos porušili vlastnícke právo. A samotný pojem „majetok“je tam posvätný.
Podobné rozhodnutie urobil aj štrasburský súd pre ľudské práva, ktorý síce pripustil, že prenasledovanie Yukosu a jeho vedenia nie je politicky motivované, napriek tomu poukázal aj na porušenie vlastníckych práv pri prerozdelení majetku spoločnosti.
